財政部的囤房稅2.0提供全國單一自住戶1％的優惠稅率（原為1.2％），但台北市因為提供折讓後的優惠稅率為0.6％，使得台北市自住戶成為囤房稅2.0下最大受害者，就算名下僅單一自住房屋、並未囤房，也會被加稅。

財政部先前即就台北市獨有的優惠稅率表示，囤房稅2.0上路後，希望全台可採一致標準。台北市本次決定逐年上修稅率，財政部回應，市府為顧及納稅人權益，決定採逐步上調而非一次調足，中央可以理解，盼北市積極落實。

台北市是自2017年起，率先全國，將全國單一自住房屋稅稅基折減16％，相當於實質稅率僅1％；2020年為加強保障市民基本居住權益，再提高折減比率至50％，相當於單一自住房屋的實質稅率僅0.6％。

台北市表示，考量囤房稅2.0自7月1日起施行，將分四年逐年緩步恢復稅基，之後不再折減。相關稅率調整影響戶數達21.2萬戶，預計從2025年至2028年依實質稅率0.7％、0.8％、0.9％、1％的方式逐年緩步調整，以減緩對市民的衝擊。

依台北市政府預估，原享有單一自住稅基折減的納稅人，在逐年調整0.1％的過程中，每年每戶平均約增加房屋稅稅額395元，四年後恢復1％的稅率之後，如果相較原本的0.6％，等於則是未來每年都會多出1,581元房屋稅稅金。

北市府財政局說明，過去折減單一自住稅基，主要是納稅人持有三戶住家以下都適用1.2％稅率，並沒有明文規定全國單一自住稅率，但台北房價偏高，持有一戶2,300萬元房屋跟有三戶2,300萬元房屋者，納稅能力明顯不同。
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